Abordons tout d’abord le point de la sous-traitance dans le CIR et son évolution à la suite des dernières jurisprudences et de la loi.

Selon l’article 244 quater II.d, les dépenses confiées à des organismes de recherche publics, privés ou à des experts scientifiques ou techniques agréés, sont éligibles. Ces organismes doivent néanmoins être titulaires d’un agrément délivré par décision du ministère chargé de la recherche.

Les travaux de sous-traitance n’ont pas forcément besoin d’être des opérations de R&D en elles-mêmes.

La doctrine administrative prévoit que les travaux de sous-traitance soient en eux-mêmes des opérations de R&D, faisant face à leurs difficultés propres et impliquant leurs propres recherches de l’état de l’art. Or, une jurisprudence du Conseil d’Etat [1] de juillet 2020 juge au contraire que des prestations qui, prises séparément, ne constituent pas des opérations de R&D peuvent être comptabilisées en sous-traitance dans la mesure où ces prestations sont nécessaires et s’intègrent dans une opération de R&D.

A titre d’exemple, la réalisation d’études analytiques et de tests dans le cadre d’une opération de R&D a été jugée comme étant éligible.

En appui de ce conseil, dans le Feuillet Rapide Fiscal Social 50/20 (paru le 03/12/2020), il est prévu que les dépenses exposées pour la réalisation d’opérations de recherche sous-traitées, notamment à des organismes de recherche publics ou privés, peuvent être prises en compte par le donneur d’ordre dans la base de calcul de son crédit d’impôt recherche, conformément aux dispositions de l’article 244 quater B, d et d bis du CGI. Dans le cas où une entreprise confie à un tel organisme l’exécution de prestations nécessaires à la réalisation d’opérations de recherche qu’elle mène, le Conseil d’État a jugé que les dépenses correspondantes peuvent être prises en compte pour la détermination du montant de son crédit d’impôt quand bien même les prestations sous-traitées, prises isolément, ne constitueraient pas des opérations de recherche.

Malgré ce désaccord, pour le CIR correspondant aux travaux de 2020 et postérieurs, il est donc possible d’inclure ce type de prestation en opposant la décision du Conseil d’Etat en cas de vérification si ce point était soulevé par l’administration, car ce risque demeure néanmoins.

Bien entendu, il importe toujours de fournir les éléments justificatifs, explications de comment la prestation s’intègre dans l’opération de R&D, factures, contrats etc.

A propos de la comptabilisation de travaux de R&D par la société agréée dans le cadre d’une prestation

Dans son arrêt 5-3-2018 n° 416836, le Conseil d’Etat rappelle qu’il n’est pas possible qu’une entreprise agréée puisse comptabiliser des travaux de R&D réalisés dans le cadre d’une prestation vendue à un donneur d’ordre localisé en France, y compris lorsque celui-ci fournit une attestation afin de prouver que les dépenses (le coût de la prestation) n’ont pas été prises en compte dans son propre CIR.

En revanche, la cour administrative d’appel de Versailles [2] a précisé que l’organisme de recherche agréé peut bénéficier du crédit d’impôt recherche lorsque les dépenses de recherche qu’il a exposées sont nettement individualisées des prestations faisant l’objet du contrat de sous-traitance, qu’il en assume la charge financière sans la répercuter intégralement au donneur d’ordre et qu’il conserve la propriété et donc l’usage des résultats pour sa propre activité.

Par conséquent, il est possible qu’une société agréée comptabilise dans son propre CIR des opérations de R&D à la condition que ces opérations de R&D soient réalisées pour leur intérêt propre, y compris lorsque ces opérations de R&D sont réalisées parce qu’une prestation de sous-traitance les demande.

A titre d’exemple, imaginons un donneur d’ordre demandant de réaliser un objet connecté, qui n’implique pas à priori d’opération de R&D, mais pour lequel une difficulté intervient. Supposons que cette difficulté pousse le sous-traitant agréé à développer un algorithme dont il garde la propriété et l’usage. Les travaux correspondant à la réalisation de cet algorithme sont alors éligibles dans le CIR du sous-traitant.

Cela demande cependant de bien différencier le contrat de prestation (et donc la facture) de la description de l’opération de R&D. Le contrat, cahier des charges, ou la facture ne doivent pas mentionner d’éléments (R&D, développement expérimental, créativité, nouveauté) liant ce contrat à une opération de R&D. Il incombe au sous-traitant de démontrer que la prestation est une prestation d’ingénierie (contrat, cahier des charges, facture, description du livrable…).

A titre d’exemple, un planning précis de réalisation d’une prestation demandée par le donneur d’ordre n’est pas compatible avec l’incertitude liée à une opération de R&D.

Une attention particulière devra également être portée au transfert éventuel de Propriété Intellectuelle, ainsi qu’à la définition du prix, un montant forfaitaire étant incompatible avec des opérations de R&D car on ne peut pas en connaître l’issue et donc le temps à passer sur la mission.

Cela induit également qu’une entreprise agréée peut comptabiliser dans son CIR ou son CII des opérations de R&D&I qu’elle mène pour son compte propre, sans avoir à déduire les montants des prestations qu’elle réalise pour des donneurs d’ordre, dans la mesure où ces prestations ne sont pas liées à ces opérations de R&D&I. Jusqu’à présent, la doctrine administrative imposait de comptabiliser toutes les factures émises dans le cadre de prestation de R&D ou d’innovation dans l’assiette de calcul dur CIR/CII de l’entreprise agréée.

La sous-traitance auprès d’organismes publics

Jusqu’à présent, les modalités de prise en compte des dépenses de recherche dans l’assiette du CIR étaient en faveur des partenariats publics / privés, la réalisation d’opérations de recherche en sous-traitance auprès d’organismes de recherche publique étant valorisée au double de son montant dans l’assiette du CIR.

La loi n° 2020-1721 de finances pour 2021 supprime cet avantage à compter du 1^er janvier 2022.

Ainsi, les dépenses de sous-traitance publique exposées à compter du 1er janvier 2022 :

• ne seront plus prises en compte pour le double de leur montant ;
• seront retenues dans la limite de trois fois le montant total des dépenses de recherche internes ouvrant droit au crédit d’impôt (et ne seront donc elles-mêmes plus considérées comme internes) ;
• ne bénéficieront plus d’une majoration de 2 millions d’euros de leur plafond par rapport à la sous-traitance réalisée auprès d’organismes de recherche privés agréés.

Par ailleurs, la mise à jour par l’administration fiscale de sa base Bofip en date du 13 juillet 2021 implique qu’à compter du 1er janvier 2022, l’ensemble des organismes de recherche (publics, assimilés publics ou privés) devront être titulaires d’un agrément délivré par le ministère chargé de la recherche pour que le donneur d’ordre puisse prendre en compte dans l’assiette de son CIR les dépenses relatives aux opérations de recherche qui leur sont confiées.

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Références:

[1] CE 9e et 10e ch. 22/07/2020 n°428127, Fédération nationale des agriculteurs multiplicateurs de semences

[2] CAA Versailles 22-1-2019 n° 17VE01717